Microbiële diversiteit in geitenmelk : verkennend onderzoek naar soortensamenstelling van het melkmicrobioom

Summary

Startende bedrijven in de korte voedselketen zijn veelal kleinschalige producenten die unieke producten willen maken en willen bijdragen aan het in stand houden van zeldzame rassen en ambachten en tegelijkertijd zorgvuldig willen omgaan met de omgeving waarin ze boeren. Deze pioniers in de transitie naar nieuwe en duurzame voedselsystemen hebben kennis-gerelateerde vragen; dit onderzoek wil helpen een aantal vragen te beantwoorden. Directe aanleiding voor dit onderzoek is de hypothese dat de geitenmelk van Doetie’s Geiten (DG) anders is van microbiologische samenstelling dan gangbare geitenmelk. Dit leidde tot de vraag: “Wat is de invloed van het bedrijfssysteem op het melkmicrobioom?” Met dit onderzoek willen we kennis opdoen over de hoeveelheid en diversiteit aan micro-organismen aanwezig in de melk van verschillende bedrijven. De microbiële samenstelling van de melk van DG wordt verondersteld een hoge diversiteit te hebben en relatief weinig pathogene bacteriën te bevatten. Dit verkennende onderzoek kijkt naar de diversiteit aan bacteriën in de rauwe melk per bedrijf en hoe groot deze variatie is tussen bedrijven. Specifiek is ook gekeken naar de aanwezigheid van melkzuur producerende bacteriën in de rauwe melk. Snelle groei van gewenste melkzuur producerende bacteriën onderdrukt door haar pH-verlaging de groei van ongewenste bederf- en ziekteverwekkende bacteriën. Er zijn op tien bedrijven, waarvan DG er een was, ochtendmelkmonsters uit melkleiding of melkglas genomen voor kiemgetalbepaling en microbioom-analyse. Bij de bedrijven waar dat mogelijk was, is ook een tankmelkmonster van eerdere melkbeurten genomen. Voor de diversiteitsanalyse van het microbioom zijn de monsters ter plekke direct ingevroren bij -80⁰C (droogijs) en voor kiemgetalbepaling zijn de monsters gekoeld ingestuurd. Het doel van dit verkennende onderzoek is om een indruk te krijgen van de aanwezige variatie in het melkmicrobioom. De resultaten van de melkmicrobioom-monsters laten duidelijk zien dat monsters van dezelfde dag op hetzelfde bedrijf goed op elkaar lijken, er is een duidelijke ‘vingerafdruk’ tussen bedrijven per monstermoment te zien. Uit de in de tijd herhaalde monsters blijkt echter dat de samenstelling van het melkmicrobioom heel snel kan wijzigen, het microbioom is echt een momentopname. De dominant aanwezige microbiële phyla (bacteriegroepen) in de geitenmelk zijn Firmicutes, Actinobacterien en Proteobacterien, zij vertegenwoordigen 95% van het melkmicrobioom. Voor een vervolganalyse zijn de bedrijven op bedrijfssysteem geclusterd in gangbare en niet-gangbare bedrijven. De niet-gangbare bedrijven verwerken de melk zelf, hebben een andere bedrijfsvoering (op de meeste bedrijven uit deze groep gaan de dieren naar buiten) en hebben een kleiner aantal dieren (minder dan 200) op hun bedrijf. Er is geen verschil in variatie in samenstelling van het microbioom tussen de clusters bedrijfssystemen gevonden, ook niet voor de groepen melkzuur producerende bacteriën. Wel is er een grote variatie te zien binnen een cluster, met name binnen de niet-gangbare bedrijvengroep. Er zijn monsters van niet-gangbare bedrijven met veel (tot boven 6%) melkzuur producerende bacteriën in de melk, maar er zijn er ook met een heel laag percentage melkzuur producerende bacteriën.