Marques Martins, Guilherme (2012) Communautés microbiennes de la baie de raisin : Incidence des facteurs biotiques et abiotiques: Incidence des facteurs biotiques et abiotiques. [Microbial communities of the grappe berry : effect of biotic and abiotic factors.] PhD thesis. HAL CCSD. [Unpublished]
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Summary
L’étude des communautés microbiennes de la baie de raisin dans des conditions de production à l’échelle de la parcelle montre une dynamique temporelle des populations cultivables, qui se traduit par une augmentation des niveaux de population à partir des stades de début véraison et début maturité. Concernant la communauté bactérienne cultivable, 44 espèces appartenant à 21 genres ont été identifiées. Parmi les huit genres identifiés pour la population fongique, les espèces appartenant au genre Aureobasidium sont les plus abondantes, contrairement aux espèces fermentaires qui restent minoritaires. L’incidence des facteurs biotiques et abiotiques sur différents paramètres de population microbienne tels que la structure, la densité et l’activité métabolique a été analysée. Nous avons observé que les zones climatiques plus fraîches et humides, favorisent le développement des microorganismes. Ces travaux mettent en évidence l’impact écotoxique du cuivre sur la communauté microbienne, en particulier dans sa fraction bactérienne. Le développement de Botrytis cinerea sur la grappe modifie la communauté microbienne des baies de raisin sain : le nombre d’espèces bactériennes augmente ainsi que leur diversité. La communauté bactérienne de la baie de raisin est proche de celle des feuilles d’un point de vue de sa structure, et mais éloignée de celles des écorces et du sol, avec des indices de diversité et de richesse plus faibles.
Summary translation
The study of microbial communities associated with wine grapes under field conditions revealed changes in the size and structure during the berry ripening process, with levels rising gradually and reaching their highest value when the berries were over ripe. During this work several bacteria and fungi species, including fermentative yeast, have been isolated and identified. From cultured bacteria, over 44 species were identified from 21 genera. Concerning fungi population, among eight genera identified, the genus Aureobasidium was the most abundant. Our study reveals the impact of different abiotic and biotic factors over microbial community structure, density and metabolic activity. Comparing different vineyards in the same region, we observed that areas presenting more humid and colder climate favor the growth of microorganisms. Our results also show that the farming system has a clear impact on the microbial community, especially in the bacterial fraction. One of the reasons is the inhibiting effect of copper-based fungicides, frequently used in both organic and conventional farming systems. The presence of Botrytis cinerea in grape berries without visual symptoms of infection can change the microbial community of the grapes, increasing bacterial population density and diversity.
| EPrint Type: | Thesis |
|---|---|
| Thesis Type: | PhD |
| Keywords: | grape berries, microbial population, grapevine growth stages, copper, climate (en), baies de raisin, population microbienne, stade phénologique, cuivre, micro-climat, Botrytis, CE-SSCP, T-RFLP (fr) |
| Subjects: | "Organics" in general |
| Research affiliation: | France > INRAe - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement |
| Related Links: | https://hal.inrae.fr/tel-02802218/document |
| Project ID: | HAL-INRAe |
| Deposited By: | PENVERN, Servane |
| ID Code: | 40662 |
| Deposited On: | 12 Aug 2021 10:37 |
| Last Modified: | 12 Aug 2021 10:37 |
| Document Language: | French/Francais |
| Status: | Unpublished |
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