@misc{orgprints22072,
           title = {Diagnose von Viruskrankheiten im Rahmen der Anerkennung von Anbaumaterial von Kernobst und Entwicklung von Verfahren zur Gesunderhaltung von zertifiziertem Material in Reisermutterg{\"a}rten und Unterlagenbaumschulen (Verbundvorhaben)},
        keywords = {B{\"O}LN. BOELN, B{\"O}L, BOEL, FKZ 12NA019, FKZ 12NA049, Reiserschnittgarten, Gummiholz, apple rubbery wood, Apple stem pitting virus, Apple stem grooving virus, Apple chlorotic leafspot virus, apple proliferation, virus detection},
        abstract = {Das hier beschriebene Verbundvorhaben umfasst folgende Teilprojekte: FKZ 12NA019 und FKZ 12NA049.
Alle in Organic Eprints archivierten Projektbeschreibungen und Ver{\"o}ffentlichungen zu diesem Verbundvorhaben finden Sie unter folgendem Link: http://orgprints.org/id/saved\_search/1487.
Die vier in Deutschland noch existierenden Reiserschnittg{\"a}rten sowie Obstunterlagen produzierende Baumschulen sollen in die Lage versetzt werden, "vf" Vermehrungsmaterial zu produzieren. Alle wissenschaftlich Vorhaben dieses Projektes zur Untersuchung der Apfelviren ASPV, ASGV, ACLSV und dem unbekannten Gummiholzerreger leiten sich aus den Empfehlungen eines Statusseminars des BMELV am 17. Nov. 2009 sowie der zugeh{\"o}rigen Auftragsstudie des BMELV von Dr. Beyme ab. Im Focus dieses Projektes sind Verbesserungen bei der Kenntnis der relevanten Viren und der Virustestung im Stufenaufbau f{\"u}r zertifiziertes Material einschlie{\ss}lich zuverl{\"a}ssiger Befallskontrolle auf Viren nach W{\"a}rmetherapie. Vorgesehen sind  {\"U}bertragungsversuche des Gummiholzerregers mit Cuscuta-Arten, Versuche zu  rolling circle amplification, Charakterisierung der gefundenen Viren und Entwicklung von PCR-Schnelltests f{\"u}r den Erreger des Gummiholzes, Entwicklung einer full-length PCR Methode f{\"u}r verschiedene Isolate des ACLSV. Herstellung infekti{\"o}ser cDNA Klone f{\"u}r ACLSV, ASGV und ASPV. Damit Studium der Schadwirkung an Apfel, Birne und Quitten, einschlie{\ss}lich gezielter Mischinfektionen. Alle Ergebnisse werden koordiniert durch das JKI beim ?Runden Tisch RSG? im Rahmen der j{\"a}hrlichen Sitzung der AG Mutterg{\"a}rten und Obstpflanzenzertifizierung fortlaufend mit den Bundesl{\"a}ndern besprochen und in Fachjournalen publiziert.
Angaben zur Finanzierung des Projekts finden Sie im F{\"o}rderkatalog des Bundes unter http://foerderportal.bund.de/foekat/jsp/StartAction.do. Bitte geben Sie in das Suchfeld eine 28 plus das F{\"o}rderkennzeichen (FKZ) des B{\"O}LN-Projektes ein, z.B. 2808OE212 f{\"u}r das B{\"O}LN-Projekt mit der FKZ 08OE212.},
             url = {https://orgprints.org/id/eprint/22072/}
}

@unpublished{orgprints32108,
           title = {Diagnose von Viruskrankheiten im Rahmen der Anerkennung von Anbaumaterial von Kernobst und Entwicklung von Verfahren zur Gesunderhaltung von zertifiziertem Material in Reisermutterg{\"a}rten und Unterlagenbaumschulen},
          author = {Vladimir Jakovljevic and Wilhelm Jelkmann},
            year = {2015},
        abstract = {Im Projekt wurden verschiedene Methoden getestet um Fruchtvirosen und mit Apple rubbery wood (ARW) bzw. die Gummiholzkrankheit an Apfel und anderem Kernobst zu entdecken und mittels Labortests zu diagnostizieren. Hierzu wurden mit Kleeseide-Arten (Cuscuta) {\"U}bertragungsversuche auf krautige Pflanzen (N. occidentalis) durchgef{\"u}hrt. Hierbei konnten weder Symptome auf N. occidentalis beobachtet werden, noch gelang es pathogenspezifische Nukleins{\"a}uren zu ermitteln. Negativ verliefen auch Versuche zum unspezifischem Nachweis von zirkul{\"a}ren DNA Viren mittels Rolling circle amplification. Da diese Versuche keinen Hinweis auf ein m{\"o}gliches Pathogen ergaben, wurden erhebliche Teile der weiteren Arbeiten auf Hochdurchsatzsequenzierung (NGS) von ARW und zu Mischinfektionen latenter Apfelviren durchgef{\"u}hrt. Hierbeit wurden neue Protokolle zur Extraktion von Nukleins{\"a}uren im Rahmen der Optimierung von NGS Probenvorbereitungen etabliert.  
In NGS von ARW Proben wurden zu Ende des Projektes und in internationaler Zusammenarbeit mit einem Wissenschaftler der CFIA in Kanada zwei den Phleboviren nahe Verwandte Viren der Familie der Bunyaviridae als potenzielle ARW-assoizierte Viren aufgefunden. Diese Viren wurden vorl{\"a}ufig als ARWaV-1 und ARWaV-2 bezeichnet. Umfangreiche PCR Tests laufen derzeit in Dossenheim und bei CFIA in British Columbia, Kanada, um die Assoziation mit der ARW zu verifizieren und geeignete Primer zu entwickeln. Zudem werden ab 2017 in Dossenheim umfangreiche Indikatortests im Freiland mit ARW Quellen aus Europa und Kanda aufgenommen.
NGS Datenanalysen zeigten {\"A}nderungen in der Expression von Genen f{\"u}r die Ligninbiosynthese und von einigen miRNAs mit genregulatorischer Funktion. Um eine Verbindung dieser {\"A}nderungen in der Genxpression zu ARW Pathogenese zu pr{\"u}fen, sind weitere Analysen mit meheren ARW Isolaten erforderlich. Die bioinformatischen Analysen von NGS Daten aus Mischinfektionen latenter Apfelviren identifizierten eine hohe Variabilit{\"a}t sowie neue St{\"a}mme von ASPV, ASGV und ACLSV. Einige dieser St{\"a}mme konnten mittels PCR nachgewiesen werden. Weitere Verbesserungen an PCR-basierten diagnostischen Arbeiten sind erforderlich.
Versuche zur Optimierung der Kloningtechniken f{\"u}r infekti{\"o}se Voll{\"a}ngenklone wurden mit Apple chlorotic leafspot virus (ACLSV) erfolgreich fortgesetzt. Mit Vakuuminfiltration konnte eine kosteng{\"u}nstige neue Methode zur Inokulation von Apfels{\"a}mlingen mit viralen infekti{\"o}sen ACLSV cDNA Klonen entwickelt werden.},
             url = {https://orgprints.org/id/eprint/32108/},
        keywords = {B{\"O}LN, BOELN, B{\"O}L, BOEL, FKZ 12NA019, FKZ 12NA049, Reiserschnittgarten, Gummiholz, apple rubbery wood, Apple stem pitting virus, Apple stem grooving virus, Apple chlorotic leafspot virus, apple proliferation, virus detection}
}

@unpublished{orgprints32109,
           title = {Diagnose von Viruskrankheiten im Rahmen der Anerkennung von Anbaumaterial von Kernobst und Entwicklung von Verfahren zur Gesunderhaltung von zertifiziertem Material in Reisermutterg{\"a}rten und Unterlagenbaumschulen},
          author = {Manfred Schr{\"o}der},
            year = {2016},
        keywords = {B{\"O}LN, BOELN, B{\"O}L, BOEL, FKZ 12NA019, FKZ 12NA049, Reiserschnittgarten, Gummiholz, apple rubbery wood, Apple stem pitting virus, Apple stem grooving virus, Apple chlorotic leafspot virus, apple proliferation, virus detection},
             url = {https://orgprints.org/id/eprint/32109/},
        abstract = {Zur{\"u}ckliegende Befallssituationen in Reisermutterg{\"a}rten und Unterlagenbaumschulen haben gezeigt, dass noch Untersuchungsbedarf hinsichtlich eines verbesserten Testmanagements und der Absch{\"a}tzung des {\"U}bertragungspotenzials bei einigen Apfelviren {\"u}ber den Boden f{\"u}r eine Risikominimierung besteht. Bei den Phytoplasmen bestand  insbesondere f{\"u}r den Birnenverfall die Notwendigkeit einer Verbesserung der Detektionsrate. Deshalb wurden in Topf- und  Freilanduntersuchungen schwerpunkt?m{\"a}{\ss}ig folgende Themen bearbeitet:
- Ermittlung der Bedeutung einer abiotischen Boden{\"u}bertragung von Apple chlorotic leaf spot virus, Apple mosaic virus, Apple stem grooving virus und Apple stem pitting virus an einer Apfel-Standardunterlage 
- Ermittlung von Nachweisgrenzen latenter Apfelviren im jahreszeitlichen Verlauf und bestm{\"o}glicher Probenahmezeitr{\"a}ume bei Reiserschnittb{\"a}umen 
- Absch{\"a}tzung des Risikos f{\"u}r die Einschleppung latenter Apfelviren und Phytoplasmen mit Kernobst-Pflanzmaterial f{\"u}r Reiserschnittg{\"a}rten und ggf. die Identifizierung der Kontaminationsquellen 
- Ermittlung verbesserter Detektionsm{\"o}glichkeiten beim Birnenverfall durch optimale Kombination vorhandener Extraktions- und Nachweisverfahren sowie Probenahme?mengen.
Folgende Ergebnisse konnten erzielt werden: Mehrj{\"a}hrige Untersuchungen bei den Apfelviren ergaben keine Hinweise auf eine gr{\"o}{\ss}ere Bedeutung einer Boden{\"u}bertragung bei der Standard-Unterlage ?Bittenfelder S{\"a}mling?. Die Viren sind mit der PCR ganzj{\"a}hrig nachweisbar, die h{\"o}chsten Verd{\"u}nnungsgrenzen und damit als optimaler Probenahmezeitraum konnten aber insgesamt die Monate Januar bis April ermittelt werden. Stichprobenartige Testungen an Pflanzmaterial (Apfel, Birne, Quitte) f{\"u}r einen Reiserschnittgarten ergaben keinen Befall mit Phytoplasmen oder Viren. Von den untersuchten Verfahren zum Nachweis des Birnenverfalls erzielte die Silicagel-Extraktion in Kombination mit der realtime PCR und einer Verwendung von f{\"u}nf Triebst{\"u}cken je Baum die h{\"o}chste Detektionsrate.}
}