6401: Detektion och kvantifiering av mögel på spannmål med realtids PCR [Detection and quantification of fungi in grain with real-time PCR]

Feng, Xinmei; Passoth, Volkmar and Schnurer, Johan (2005) Detektion och kvantifiering av mögel på spannmål med realtids PCR [Detection and quantification of fungi in grain with real-time PCR]. Poster presented at Att navigera i en ny tid. Ekologiskt lantbruk., SLU, Ultuna, Uppsala, 22-23 november 2005; Published in Ekologiskt lantbruk konferens 22-23 november 2005. Ultuna, Uppsala. Sammanfattningar av föredrag och postrar. SLU. Centrum för uthålligt lantbruk., page pp. 284-284.

Summary

Tillväxt av mögel och jäst är ett problem vid lagring av spannmål ensilage och andra fodermedel. Traditionella metoder för identifiering och kvantifiering av sådana mikrosvampar är tidskrävande och mödosamma. Det finns därför ett behov för att utveckla nya, snabba och pålitliga förfaranden för identifiering och kvantifiering. Vi har utvecklat en molekylär metod som kan används för kvantifiering av mögel och jäst som växer på spannmål eller andra fodermedel. Förfarandet är baserat på direkt isolering av mikroorganismernas DNA från spannmål och kvantifiering av organismspecifika gener med realtids-PCR. Metoden utprovades i ett projekt för odling av mycelväxade svamp (Rhizopus oligosporus) och jäst (Saccharomyces cerevisiae) på korn. En enkel DNA-extraktion var effektiv för mögel, jäst och även mjölksyrabakterier. Koncentrationen av organismspecifika gener (determinerade i realtids PCR) korrelerade med ergosterolhalten (som indikerar svamptillväxt) i R. oligosporus ren kultur och med antal kolonibildande enheter av jäst och mjölksyrabakterier. Detektionen var mycket specifik för de testade organism, och ingen korsdetektion upptäcktes. Förfarandet är snabbt och pålitligt med möjlighetet till analys av 50 prover under två dagar. Metoden kan antagligen användas för detektion och kvantifiering av även andra mögelarter på andra sorts spannmål. Man kan även identifiera specifika gener, t.ex. gener som är involverade i mykotoxinproduktionen.

Additional Summary

Grains during storage are normally contaminated by wide arrange of microbes, their fermentation as animal feed are under the process of combination of many microbes. It is very important to detect and quantify microbes in these systems to avoid contamination or make better fermentation of feed. Traditional methods, e.g. colony forming unit or ergosterol analysis, are very slow and non-specific. In this study we developed a real-time PCR assay for rapid detection and quantification of yeast and Rhizopus in barley tempeh. DNA extraction method was effective and optimized for maximal extraction of yeast and Rhizopus DNA from barley. Real-time PCR was performed with SYBR Green I with the ABI Prism® 7000 Sequence Detection System from Applied Biosystems. Results from real-time PCR were highly correlated (R2 = 0.9642) with log CFU of yeast, and was correlated with ergosterol content of Rhizopus. Using strain-specific primers, you can detect and quantify yeasts and filamentous fungi in strain or species level. This method can be widened to detect and quantify microbes in contaminated grains or animal feed fermentation. By using this method, you can analysis 50 samples in one day.

Archive Staff Only: edit this record