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Charakterisierung der Mikroflora und Beurteilung der Haltbarkeit verderblicher pflanzlicher Produkte aus ökologischer und konventioneller Erzeugung mit Hilfe neuer Methoden

{Project} Charakterisierung der Mikroflora und Beurteilung der Haltbarkeit verderblicher pflanzlicher Produkte aus ökologischer und konventioneller Erzeugung mit Hilfe neuer Methoden. [Use of new methods to characterise the microflora and to assess the shelf life of perishable vegetables from organic and conventional agriculture.] Runs 2004 - 2007. Project Leader(s): Lücke, Prof. Dr. Friedrich-Karl, Fachhochschule Fulda.

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Online at: http://www.bundesprogramm-oekolandbau.de/fkz=03OE191

Summary

Um festzustellen, wie sich unterschiedliche Anbauformen auf die spezifische Verderbsflora und die Lagerfähigkeit von Möhren und anderen verderblichen Erntegütern auswirken, wurde Erntegut aus definierter Erzeugung der Jahre 2004, 2005 und 2006 bis zu 7 Monaten bei 5°C und 95% rF gelagert. Vier von 42 eingelagerten Möhrenvarianten verdarben durch Pilze, davon zwei ökologische Feldversuchproben, die experimentell mit organischem Stickstoff „überdüngt“ worden waren. Weitere Hinweise auf einen Einfluss der Anbauform auf die Lagerfähigkeit gab es nicht.
Die Fingerprint-Methoden SSCP und ARDRA weisen Unterschiede in der ribosomalen RNA nach und erfassten Unterschiede in der Zusammensetzung der Bakterienflora sowie deren Verschiebung während der Lagerung von Möhren. Deutliche Effekte der Anbauform gab es nicht. ARDRA und SSCP ergaben bei Reinkulturen von Pilzen unterschiedliche DNA Fragmentmuster. Die SSCP-Methode sowie die T-RFLP-Methode, einer Weiterentwicklung der ARDRA, erfasste Unterschiede in der Pilzflora bei Möhrenproben mit sichtbarem pilzlichen Verderb.
Pilz-Reinkulturen von verdorbenen Möhren erwiesen sich sowohl morphologisch als auch nach Klonierung und Sequenzierung von rDNA im Wesentlichen als bekannte Erreger von Möhren-Lagerkrankheiten. Kultivierungsunabhängige Methoden (Sequenzierung von DNA Fragmenten aus SSCP-Gelen von Pilzgemeinschaften) ergaben auch Arten (z.B. von Basidiomyceten), die bisher noch nicht im Zusammenhang mit dem Verderb von Möhren beschrieben wurden. Diese Methodik erfasste auch Unterschiede in der Pilzflora verdorbener Zwiebeln, Pastinaken und Tomaten.
Konventionelle mikrobiologische Methoden, Festigkeitsmessungen sowie die Wund Inokulation von Möhren mit Botrytis cinerea bzw. Fusarium sp. ergaben keine eindeutigen Hinweise auf einen Einfluss von Anbauform und Standort.

Summary translation

In order to assess the effects of different cropping systems on the specific spoilage flora and shelf life, we stored 42 batches of carrots of defined origin for extended periods at 5°C and high rH. Four of these batches were spoiled by fungi. Of these, two were from a field experiment where the organically grown carrots received additional organic nitrogen. Other effects of the cropping method (organic vs. conventional) were not observed.
The „fingerprint methods“ SSCP and ARDRA detect differences in the ribosomal RNA. Using them, we found differences in the composition of the bacterial flora of carrots of different origin, and detected shifts of this flora during storage. No clear correlations with the cropping method were found. When applied to pure cultures of fungi, ARDRA and SSCP gave different patterns of DNA fragments. SSCP as well as T-RFLP (a method based on the ARDRA principle) showed differences in the fungal flora of visibly spoiled carrots.
Both microscopic and DNA-based methods (comparison of nucleotide sequences from rDNA fragments with data bases) revealed fungal species know as agents of post-harvest diseases. However, cultivation-independent methods (sequencing of DNA fragments from SSCP gels) detected species hitherto not known to be associated with spoilage of carrots (e.g. certain basidiomycetes). This method also showed differences in the fungal spoilage flora of different onion, parsnip and tomato varieties.
Conventional microbiology, firmness measurements, and observations on experimentally injured carrots inoculated with Botrytis cinerea or Fusarium sp. did not reveal clear correlations with cropping systems and sites.

EPrint Type:Project description
Keywords:BÖL, BOEL, FKZ 03OE191, Möhren, Verderbsflora, Verderblichkeit, Pilzflora, Lagerfähigkeit, Lagerkrankheiten, carrots, spoilage flora, shelf life
Subjects: Food systems > Food security, food quality and human health
Crop husbandry > Production systems > Vegetables
Research affiliation: Germany > Federal Organic Farming Scheme - BOELN > Food > Quality
Research funders: Germany > Federal Organic Farming Scheme - BOELN
Germany > Bundesanstalt für Landwirtschaft und Ernährung - BLE
Related Links:http://www.bundesprogramm-oekolandbau.de/, http://www.bundesprogramm-oekolandbau.de/fkz=03OE191, http://orgprints.org/perl/search/advanced?addtitle%2Ftitle=&keywords=03OE191&projects=BOEL&_order=bypublication&_action_search=Suchen
Project ID:FKZ 03OE191
Start Date:1 May 2004
End Date:31 October 2007
Deposited By: Lücke, Dr Friedrich-Karl
ID Code:14792
Deposited On:05 Oct 2008
Last Modified:20 Aug 2009 14:41
Document Language:German - Deutsch
Status:Unpublished
Refereed:Not peer-reviewed
Additional Publishing Information:Gefördert vom Bundesministerium für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz (BMELV) im Rahmen des Bundesprogramms Ökologischer Landbau.
Projektleitung: Prof. Dr. Friedrich-Karl Lücke (Fachhochschule Fulda, Fachbereich Oecotrophologie)

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